Instituttets vigtigste institutionelle samarbejdspartnere i Danmark er:
- Undervisningsministeriets (senere for en periode Forskningsministeriets) Byggedirektorat som var ansvarlig for hele byggesagen i forbindelse med den gennemgribende og omfattende restaurering
- Undervisningsministeriet henholdsvis Forskningsministeriet og nu Ministeriet for Forskning, Innovation og Vidergående Uddannelser som tilsynsførende myndighed.
Instituttet har siden sin etablering også haft et tæt og frugtbart samarbejde med Udenrigsministeriet, Kulturministeriet, universiteterne i København, Aarhus og Odense, Nationalmuseet og med H.P.Hjerl Hansen Mindefondet for Dansk Palæstinaforskning. Desuden er der siden instituttets etablering opbygget kontakter til dele af den danske kunstverden. Det er målet at formalisere samarbejdet yderligere til gavn for en gensidig kunstnerisk inspiration mellem Danmark og den arabisk-islamiske verden. Der blev af samme grund etableret et tæt samarbejde mellem Det Danske Institut i Damaskus og Internationalt Kultursekretariat i København, der financierers og drives af Udenrigsministeriet og Kulturministeriet i fællesskab. Da Internationalt Kultursekretariat i 2003 blev nedlagt, etablerede instituttet et tæt samarbejde med Kunststyrelsen, ligesom der siden 2002 har været et tæt samarbejde med Center for Kultursamarbejde med Udviklingslandene (CKU).
C.L. Davids Fond og Samling er også en væsentlig videnskabelig samarbejdspartner, der har finansieret konferencer på instituttet og bøger i instituttets udgivelsesserie.
Grundet forskningsmidler fra videnskabelige fonde kan vi årligt uddelegere legater til studerende til hele den arabiske verden.
Det Danske Institut i Damaskus er Danmarks eneste videnskabelige institut i den arabiske verden. Det er den fremadrettede ambition, at instituttet bliver et forbindelsesled mellem danske universiteter og uddannelsesinstitutioner i den arabiske verden.